L’embouchure abrite des milieux et paysages variés avec 2 sites emblématiques : le plateau de Cordouan et la baie de Bonne Anse. Raies et requins fréquentent ce secteur.
Le Parc offre un visage océanique. Sur les fonds allant jusqu’à une cinquantaine de mètres de profondeur, les étendues de sable, vase ou graviers regorgent de vie.
Le Parc veille à la bonne prise en compte des enjeux de préservation du milieu marin dans le schéma d'organisation des dragages et de gestion des sédiments dans les pertuis.
Le plus grand estuaire d’Europe occidentale, tant en termes de débit que d’influence sur le milieu marin, et un axe majeur de migration pour les poissons amphihalins.
Le milieu marin reste largement méconnu. Le Parc naturel marin mène de nombreuses actions pour améliorer la connaissance des écosystèmes et des activités maritimes.