L'OFB est sous la tutelle des ministères de la Transition écologique et solidaire, et de l’agriculture et de l’alimentation. Pierre Dubreuil en est le directeur général.

L’OFB regroupe les agents de l’Agence française pour la biodiversité (AFB) et de l’Office national de la chasse et de la faune sauvage (ONCFS). Unir ces deux établissements dans la lutte pour la protection de la nature, permet de rassembler des expertises, sur les milieux aquatiques, terrestres et marins et faire front commun contre les menaces qui pèsent sur la biodiversité en France. Regrouper ces deux entités, dont les agents sont implantés sur l’ensemble de l’hexagone et les Outre-mer, c’est aussi assurer un ancrage solide dans les territoires pour agir à l’échelle locale.

Le conseil de gestion du Parc naturel marin agit par délégation du conseil d’administration de l’Office français de la biodiversité et rend compte annuellement de ses activités.