L'OFB est placé sous la tutelle du ministère de la Transition écologique, de l’Énergie, du Climat et de la Prévention des risques et du ministère de l'Agriculture, de la Souveraineté alimentaire et de la Forêt.

L’OFB a pour missions la surveillance, la préservation, la gestion et la restauration de la biodiversité terrestre, aquatique et marine, ainsi que la gestion équilibrée et durable de l’eau, dans l’Hexagone et les Outre-mer. Il est chargé de développer la connaissance scientifique et technique des espèces, des milieux et de leurs usages, de surveiller et de contrôler les atteintes à l’environnement, de gérer des espaces protégés, d'appuyer la mise en oeuvre des politiques publiques, et de mobiliser l'ensemble de la société, acteurs socio-économiques comme citoyens.

Le conseil de gestion du Parc naturel marin agit par délégation du conseil d’administration de l’Office français de la biodiversité et rend compte annuellement de ses activités.