L’embouchure abrite des milieux et paysages variés avec 2 sites emblématiques : le plateau de Cordouan et la baie de Bonne Anse. Raies et requins fréquentent ce secteur.
Depuis le 1er janvier 2020, le Parc naturel marin de l'estuaire de la Gironde et de la mer des Pertuis fait partie de l'Office français de la biodiversité (OFB).
L’ensemble des réglementations internationales, européennes, nationales et locales en vigueur sur les espaces maritimes et littoraux doivent s’appliquer de façon exemplaire dans le Parc.
Ancré dans son territoire, le Parc naturel marin fédère les énergies et s’appuie sur la concertation avec les acteurs locaux pour gérer cet espace marin.