Le Parc veille à la bonne prise en compte des enjeux de préservation du milieu marin dans le schéma d'organisation des dragages et de gestion des sédiments dans les pertuis.
Le plus grand estuaire d’Europe occidentale, tant en termes de débit que d’influence sur le milieu marin, et un axe majeur de migration pour les poissons amphihalins.