Le Parc offre un visage océanique. Sur les fonds allant jusqu’à une cinquantaine de mètres de profondeur, les étendues de sable, vase ou graviers regorgent de vie.
Préserver le milieu marin : c’est adopter des pratiques respectueuses. Pour cela, le Parc multiplie des actions de sensibilisation auprès du public et des acteurs relais.
Le milieu marin reste largement méconnu. Le Parc naturel marin mène de nombreuses actions pour améliorer la connaissance des écosystèmes et des activités maritimes.
L’embouchure abrite des milieux et paysages variés avec 2 sites emblématiques : le plateau de Cordouan et la baie de Bonne Anse. Raies et requins fréquentent ce secteur.
L’ensemble des réglementations internationales, européennes, nationales et locales en vigueur sur les espaces maritimes et littoraux doivent s’appliquer de façon exemplaire dans le Parc.
Depuis le 1er janvier 2020, le Parc naturel marin de l'estuaire de la Gironde et de la mer des Pertuis fait partie de l'Office français de la biodiversité (OFB).