Les espaces maritimes des Pertuis, du plateau de Rochebonne et des estuaires sont particulièrement reconnus pour leur richesse spécifique et les mosaïques d’habitats d’intérêt. A ce titre, ils forment un maillage particulièrement dense avec 25 sites Natura 2000 qui couvrent 99,47 % du périmètre du Parc naturel marin.

Sur ces 25 sites relevant des directives « habitats faune flore » et « oiseaux », le Parc est en charge de la gestion de 7 sites. Son conseil de gestion assure la fonction de comité de pilotage et son plan de gestion fixe des objectifs pour répondre aux enjeux environnementaux et aux pressions exercées par les activités.
Ces 7 sites sont exclusivement ou majoritairement marins, et deux présentent des secteurs terrestres sur l’Ile de Ré. Le site « Pertuis charentais Rochebonne » est exclusivement marin, sa superficie particulièrement importante (8 179 km²) s’étend en mer au-delà du territoire du Parc à l’ouest.

Le Parc est en étroite coordination avec les 18 autres sites ayant des périmètres couvrant des secteurs terrestre et marin. L’animation de ces sites minoritairement sur le territoire du Parc est confiée à des collectivités territoriales pour leur grande majorité. Le Parc apporte un appui technique et méthodologique afin de garantir la cohérence entre les objectifs du plan de gestion et celles des documents d’objectifs élaborés par les structures gérant ces 18 sites « mixtes » (terre-mer).